相对于传统的中央空调系统安装，水源热泵系统每平方米造价远高于部分建筑面积，而由于水源热泵机组系统的安装涉及到现场调查、埋地管道、地下管线等具体因素，根据施工场地的不同选择，埋地管道采用不同的方式会导致成本增加。管理维护费：水源热泵机组系统的优点是后期维护非常简单。由于系统本身基本上是全自动运行，所有管道都埋在地下，故障概率很小，系统的一套设备使用寿命长。
水源热泵安装前进行图纸及技术交底，并严格按照设计要求选择施工材料。空调水系统管道的安装和保温由专业人员进行设计和指导，并执行安装规范的相应规定。水泵与系统水管及系统水管的连接采用防震软接头连接。同时，管道和水泵应配有支架，以防止机组受到应力。水源热泵机组外部水系统必须安装过滤器、水处理器、止回阀、排水阀、膨胀箱等。
水源热泵机组排放的水一般优于地表水，且往往存在可利用的势能，应考虑综合利用。综合利用时，应达到相应用途的水质标准，并计算水量平衡，使规划区及附近地区全部或部分用于绿化和道路洒水。地表水源热泵排水多功能水可与雨水综合利用和社区污水回用设施相结合。
